... хотел бы понять, на сколько усложнит ситуация с проходными трубами и сколько может стоить это хозяйство.
Разумеется на форуме нет единого мнения по сквозным выпускам, поэтому озвучу своё:
1) Все продукты сгорания логично выводить беспрепятственно в атмосферу;
2) Нерж.труба, идущая сквозь крышу флюгарки нуждается в утеплении, а утепление - в герметичном кожухе;
3) Сквозной выпуск не нуждается в индивидуальном зонте;
4) Плохой способ: Просто "прохерачить" (технический термин) крышу флюгарки насквозь и в получившееся отверстие вставить сендвич-трубу, а стык между кожухом и крышей флюгарки залить полиуретаном (в эконом исполнении: силиконом).
5) Хороший способ: Флюгарка исполняется сразу (в мастерской) с узлом прохода, а на объекте просто (если с размерами никто не наеошибся) надевается на уже смонтированную сендвич-трубу.
6) Всё это дёшево стоить не может.