кровли дома и пристройки обязательно раздельные, с максимально возможным зазором по высоте, т.к. возможна не только усадка, но и поднятие фундамента(пучение) вероятнее всего пристройки, т.к. она легче. так-же не забывайте про крены здания(фундамент может давать не равномерную усадку по периметру). если для отдельно стоящего дома это не критично, то для двух зданий под общей крышей и отдельными фундаментами это может стать серьёзной проблемой.
грунты какие?
можно поставить маяки на зданиях и посмотреть как они "гуляют" относительно друг-друга. натянули шнурку по обоим зданиям, прочертили линию, по весне натянули по новой и посмотрели...